三殿焚毁，朱棣因此以为是天怒，是朱元璋怒其谋逆而施加的惩戒，便明发圣旨，仍以金陵为首都，改称南京，北京仍为陪都，为行在之地。
自此，两京一十三省之中的两京才算齐整。
但是朱棣久居北京，文武大臣都在北京，南京这个首都就是个空壳子，这叫什么事呢？
于是，朱棣又让南京重新搭建了一套政府班子，北京有的，南京都有，什么六部、五府、锦衣卫，统统齐活。
所以后来咱们经常在电视剧看到，为什么明朝一个吏部有两个尚书，这里面，其中一个是南京的。
后来朱高炽继位，朱高炽不喜欢北京，是因为他打小是在南京长大的，他更喜欢江南，所以就打算在带着朝廷回南京去，让太子，也就是朱瞻基去南京修缮皇宫，还没等朱瞻基这边把装修好，朱高炽就死了，朱瞻基又回到北京即位。
跟他爹不同，朱瞻基是在北京长大的，所以就存了把首都改到北京的念想，要不然，人家该说，朱家三代祖孙都在行在里待着，不回首都，这叫什么事啊？
但是迁都回北京，那三大殿就得修好，可是也奇怪，三大殿一修就遭雷劈，一修就遭雷劈，朱瞻基没辙，就问群臣，“此莫不是上天降怒？”
有不怕死的言官就拿朱棣说事，“陛下难道忘了太宗文皇帝篡改历史之事了吗？”
原来，当年朱棣做皇帝之后，担心后世说他造反，存心抹掉这一段历史，就将建文四年并进了洪武年号之中，改建文四年为洪武三十五年。
但是史官是什么人？那都是铁骨铮铮的汉子，“历史绝不容篡改！”
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