新帝继位，改元天启，起故官，设都监府，以兵监至山海关、东江镇，在辽事问题上不顾群臣反对，大刀阔斧、乾纲独断，决意继续任用熊廷弼。
因熊廷弼举荐，阎鸣泰于天启元年进副使，驻守广宁。
王化贞立功心切，议四路出师，不顾曹文昭等反对，执意开战，终为奴酋所败，丧师十七万，弃地入关，京师震动。
廷议会审，归咎于大学士叶向高门生、左参议王化贞，即被缇骑锁拿入京，伏诛。
帝师孙承宗受皇命出关，屡疏弹劾，称阎鸣泰任广宁数载，实无才略，工事谄佞，以虚词罔上而已。
天启元年八月，廷推孙承宗之门生袁崇焕为广宁兵备，兼抚宁远，天启皇帝默许，袁崇焕遂赶至宁远赴任。
至是孙承宗以重臣当关，宁远袁崇焕唯其马首是瞻，以至事权独操，屡疏“宁锦防线”之议。
阎鸣泰因上疏反对设立宁锦防线，继而屡遭孙承宗、袁崇焕排挤、弹劾，自觉不能有所为，于天启元年十二月上疏，称疾归去。
天启二年，魏忠贤兴大狱。
时杨涟归乡，讲学东林，东厂番役追至其家，以蛊惑人心诛杀。
叶向高为东林所累，触怒君上，一纸谕下，更被诛杀九族，一时间，阉党崛起，东林党人皆以书著：
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