永乐皇帝朱棣在靖难之役后，迁都京师，但那时还只被称作“行在”，真正确立南北两京制度时，是在英宗皇帝的正统六年。
虽说隋、唐两朝也有长安、洛阳两京，但明显可以看出，大明朝的“两京制”与之相较有很大的不同。
留都南京内留置有一套与北京朝廷相差无几的“小朝廷”，六部、都察院、五府和内廷的太监体系，一应俱全，堪称大明的备份。
“两京制”在正统年间确立后，京师成为全国的政治、军事中心，南京则成为经济和文化中心。
从正统年间至万历一朝前期，大明帝国的南北因为这种两京制度，达到了一种微妙的平衡。
但是，到如今天启年间，这种平衡实际上已经被打破，历史上的崇祯年间，江南几省一年茶税不过六两，这就是很好的证明。
在今天，京师依旧作为行政、军事中心，繁华、富庶的江南地区，反而成了整个帝国的“拖累”。
整个朝堂都在京师，虽然南京的相同职务官员，在品级上与京师持平，但实际权力却天差地别。
两京制度自永乐年间设立，正统年间定型，沿用至今，已渐渐落后于时代，弊端远远大于益处，急需一场改革。
南京各衙门官员多为虚衔，公务清闲，官场中也对到此任职有个很形象的称谓，唤做“吏隐”。
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