陕西、湖广等地的都司指挥使，或多或少还握有实权，如辽东都司、万全都司、陕西都司，甚至还是实土都司。
所谓实土都司，权利要比一般的都司大上一些，多存于边关地区，可兼理卫所内的民事及军队司狱。
正常来说，实土都司都指挥使手中握有的卫所军队数量，要多于如山西都司这样的一般都司。
山西都司，原本也是实土都司，但它现在却是两京十三布政司的唯一一个个例。
因山西临近畿辅且接临漠南的原因，一直都是朱由校各种改革政策试点工作的先行站。
针对五军都督府和卫所的改革，经过前几次事件后，在山西已经相当彻底。
山西的都司，到现在已经被泰宁候陈延祚的后军都督府完全架空，都指挥使尹宽，不过是空有名头的傀儡。
真正掌握实权的，是近些年来被天启皇帝重新任用的勋贵派。
那山西都司又是怎么从掌握实权的实土都司逐渐变成现在这个，完全是空有名头的军事编制机构呢？
实际上，经过前后两次的卫所试点改革及五军都督府卫所改革，山西都司所属的全部军屯在天启五年就已经被清查得十分彻底。
山西都司及山西行都司当时所有的军屯，在天启五年年内，全部都被划入后军都督府所辖。
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