手心手背都是肉，丢了哪边，都肉疼。
原本历史上兵部逐渐代替五军都督府，行使戎政，这是土木堡之变后发展的轨迹。
而如今还政于五军都督府，这又是兵部职权过大，引起的连锁反应之一。
天启一朝，历经西南之役、辽东之役及科举大案、武力推行新盐法等事件以后，朱由校手中的皇权实际上已经很高。
也就是说，现在掌握天下卫所及军务的兵部存在，已经威胁到了皇权。
而作为皇帝的朱由校，自然看不惯身边一直有这样一个职权远超过其余五部的兵部。
自然而然，天启年兵部还政的发生，也就是必然的结果。
这是身为皇帝的朱由校的另一步加强中央集权的措施，也是针对糜烂至今卫所制的一项逼不得已的整改。
其实，景泰一朝，于谦实际掌握的兵部，其权利就已经包括了五军都督府的军队指挥、管理权。
而当时作为皇帝的景泰皇帝，不得不倚靠以于谦为首的文官集团来保住自己的地位。
文官集团势力的扩张，武勋集团的覆没，都使得五军都督府的权力转移到兵部的这种事在潜移默化的发生。
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