夺门之变以后，于谦虽然死了，但从他开始的兵部权力上升并没有停止，文官们依旧在逐渐攫取五军都督府的职权。
武勋集团日益衰微，最终完全丧失对于各地将领升迁，兵员调用、卫所军屯的管辖权。
到如今天启年间，各地的都司卫所任命官员，连呈送五军都督府的步骤都直接省去。
这也就说明，现在这个时候的五军都督府实际上只是一个空壳了，显然早已彻底丧失对武官的选拔、任命权。
至于军队操练和军情声息之事，现在的五军都督府也是无权干预。
操练军队、军情声息等军务，都由各地的巡抚总兵以及他们的下级将领负责。
巡抚的下级将领，正是各地的总兵、参将。
总兵与参将等武官，大都在五军都督府挂衔，但却与之没有上下级关系。
兵情调动、军务处置，现在往往只需要向上级巡抚汇报，再由巡抚报往兵部，五军都督府甚至连知道的意义都不复存在。
一地将领之升迁、调用，就连总兵说话也是不算的，他们只有推荐的权利。
真正一员将领能否得到升迁，或是会不会被突然调往它地，这些都要由武将的上级文官同意，再向京师申报，才能最终决定。
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